public class Blosum62 extends AminoAcidScores { private final float[][] residueScores = { /* A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V */ { 4}, { -1, 5}, { -2, 0, 6}, { -2, -2, 1, 6}, { 0, -3, -3, -3, 9}, { -1, 1, 0, 0, -3, 5}, { -1, 0, 0, 2, -4, 2, 5}, { 0, -2, 0, -1, -3, -2, -2, 6}, { -2, 0, 1, -1, -3, 0, 0, -2, 8}, { -1, -3, -3, -3, -1, -3, -3, -4, -3, 4}, { -1, -2, -3, -4, -1, -2, -3, -4, -3, 2, 4}, { -1, 2, 0, -1, -3, 1, 1, -2, -1, -3, -2, 5}, { -1, -1, -2, -3, -1, 0, -2, -3, -2, 1, 2, -1, 5}, { -2, -3, -3, -3, -2, -3, -3, -3, -1, 0, 0, -3, 0, 6}, { -1, -2, -2, -1, -3, -1, -1, -2, -2, -3, -3, -1, -2, -4, 7}, { 1, -1, 1, 0, -1, 0, 0, 0, -1, -2, -2, 0, -1, -2, -1, 4}, { 0, -1, 0, -1, -1, -1, -1, -2, -2, -1, -1, -1, -1, -2, -1, 1, 5}, { -3, -3, -4, -4, -2, -2, -3, -2, -2, -3, -2, -3, -1, 1, -4, -3, -2, 11}, { -2, -2, -2, -3, -2, -1, -2, -3, 2, -1, -1, -2, -1, 3, -3, -2, -2, 2, 7}, { 0, -3, -3, -3, -1, -2, -2, -3, -3, 3, 1, -2, 1, -1, -2, -2, 0, -3, -1, 4}}; public Blosum62() { buildScores(residueScores); } }